Rockman.EXE: The Program of Light and Darkness

Gerçek dünyanın dijitale dönüştüğü Dematerializasyon Fenomeni büyük bir sorun haline gelmiş ve acilen çözülmesi gerekmektedir. Bu olayın haberini alan Netto ve Rockman, babaları ve Ağ Araştırmacısı Yuuichirou'nun peşinden ayrılırlar. Ayrıca Trinity Brain güven şirketinin bilgisayarında bir istilanın haberi de bulunmuştur: 'Dünya kendisi, siber dünyadaki durumun farkına varacaktır.' Olayı yaratan programı yok etmek için Netto ve Rockman yeraltına derinlemesine inmeleri gerekir. Ancak orada eski düşmanlar kadar yenileri de onları beklemektedir. Birbirleriyle savaşırken, acımasız siber yaşam Nebula Grey uyanır. Dematerializasyon Fenomeni, Nebula Grey yenilmedikçe durdurulamayacaktır.